现阶段我国社会组织实行直接登记与双重管理相结合的混合登记管理制度。双重管理制度是指对社会组织的登记注册和监督管理实行登记管理机关和业务主管单位双重负责，主要特点可以概括为“归口登记、双重负责、分级管理”。直接登记制度是指符合条件的社会组织可直接向民政部门依法申请登记，不再需要业务主管单位审查同意。

长期以来，我国对社会组织的管理实行双重管理制度。2004年，深圳市成立行业协会服务署，率先推动以行业协会为突破口的社会组织管理体制改革。2006年底，深圳市试行行业协会由民政部门直接登记的管理制度，由此拉开我国社会组织直接登记制度的序幕。2013年3月，十二届全国人大一次会议通过  的《国务院机构改革和职能转变方案》提出“改革社会组织管理制度”，“重点培育、优先发展行业协会商会类、科技类、公益慈善类、城乡社区服务类社会组织。成立这四类社会组织，直接向民政部门依法申请登记，不再需要业务主管单位审查同意”。直接登记制度开始从试点探索到全国推行。